Dal punto di vista linguistico tenendo per un attimo da parte “al” che è l'articolo, “Qaeda” (o forse più correttamente Qaida) proviene dalla radice araba qaf- ayn-dal. Può indicare una base, intesa come un campo base, una sede, un fondamento che regge una struttura o un piedistallo. Può anche indicare un precetto, una norma, un principio, una massima, una formula, un metodo, un modello. Può addirittura significare lo strato più ampio di una nube del tipo chiamato cumulo nembo.
L'intelligence saudita sostiene che il nome risalga al 1998, quando, un anno prima della fine della guerra, Osama bin Laden raccolse in una database le identità e i movimenti dei volontari che passavano centri di reclutamento ed accoglienza di Peshwar, con la motivazione di poter rispondere alle richieste delle famiglie di coloro che avevano fatto perdere le tracce. In arabo un simile database può prendere il nome di al-Qaeda, usando il nome “base”, come la parola inglese “database”.
Abdallah Azzam (deceduto, si sospetta ucciso per ordine di Osama), l'ideologo e capo spirituale di Osama bin Laden, usava la parola al-Qaeda per definire un attivismo militante, un esempio, una filosofia di vita, un'avanguardia politica, volti al cambiamento islamico della società, più che di un gruppo organizzato.
Nel 1987, Azzam scriveva: “ogni principio, necessita di un’avanguardia che sospinga e sostenga compiti immensi ed enormi sacrifici. Non esiste ideologia terrena o celeste che non richieda […] un’avanguardia pronta a dare tutto ciò che possiede per conseguire la vittoria […]. Essa porta la bandiera lungo l’erto, interminabile e aspro cammino finché raggiunge la sua meta nella realtà della vita, giacché Allah ha stabilito che debba realizzarsi per manifestarsi. Quest’avanguardia costituisce il solido fondamento (al qaeda al-sulbah) per la società che verrà”.