Nasce a Mashhad (Iran), regione di Sistani, il 30 Agosto 1930. E’ uno tra dei cinque grandi Ayatollah sciiti ed il più anziano tra gli iracheni. Proveniente da una famiglia di religiosi, ha studiato legge e filosofia nella città di Qom (Iran).
Dopo gli studi al-Sistani, si trasferisce a Najaf, sotto la guida del Grande Ayatollah Abu l-Qassim Khoei, dal quale, nel 1961, riceve il titolo di Marja, la più alta autorità religiosa e legale della Shia.
Durante regime di Saddam, Al Sistani ha vissuto una vita non facile, per lunghi periodi di tempo è stato tenuto in stato d'arresto domiciliare ma non fornendo nessuno spunto alla repressione di regime, come ad esempio, avere un'attività politica, non è mai stato in pericolo di vita. Per questo basso profilo tenuto durante il regime di Saddam, è stato, da molte parti, criticato, soprattutto dei più giovani e più radicali leader sciiti.
Nell'aprile del 2003 subito dopo la caduta del regime alcuni membri del gruppo riconducibile a Moqtada al Sadr, hanno assediato alla casa di al-Sistani richiedendo che lasciasse l’Iraq e riconoscesse il giovane Ayatollah come il nuovo Marja. Usando l'autorità che gli proviene dai suoi titoli e l'autorevolezza del suo messaggio, al Sistani, ha rispedito gli assedianti da dove erano venuti.
Al Sistani, mantenendo il suo approccio non-violento, nei primi mesi d’occupazione, ha più volte calmato gli animi degli sciiti più esagitati. È stato assente dalla scena politica limitandosi solamente a richiedere delle elezioni politiche quanto prima. Nel novembre del 2003 al Sistani è stato critico rispetto ai temi politici americani per l'Irak con il suo rifiuto di trasferire sovranità a un governo non eletto come quello formatosi dopo l’esperienza della CPA.
Nonostante fosse stato appena dimesso dall'ospedale londinese per un attacco di cuore, l'Ayatollah al-Sistani, che esercita una grandissima influenza sulla maggioranza (sciita) degli iracheni, ha svolto un ruolo importante per il cessate-il-fuoco tra i guerriglieri fedeli ad al-Sadr e le forze della coalizione,
Agli occhi di un'occidentale, al-Sistani, è straordinariamente somigliante all’Ayatollah Khomeini ma invece, rappresenta una rottura con lo sciismo di marca iraniana, in quanto, predilige una netta separazione tra religione e Stato, al contrario dello Stato islamico propugnato dal capo della rivoluzione dell'Iran.
Al Sistani è un religioso atipico, soprattutto nel panorama islamico, poiché, pur essendo radicale dal punto di vista teologico, è assolutamente moderato dal punto di vista politico. Per questa sua caratteristica è una spina nel fianco dei fondamentalisti religiosi con mire politiche, perché impersona l'essenza della religione musulmana e non l'uso politico della stessa.
Non a caso, al Qaeda che è il più classico esempio di gruppo terroristico che utilizza per propri scopi politici la religione, non può tollerare una crepa nel suo ragionamento propagandistico. Ed ecco, con il suo rappresentante in Iraq al-Zarkawi, sta facendo strage di sciiti, seguaci di al-Sistani.